地方政府承擔著大量的政策再規劃和政策執行職能，同樣需要智庫參與決策咨詢，以此提升政府的科學決策水平。同時，地方政府處理的主要是地方性、區域性的公共事務，由此決定智庫參與地方政府決策必然帶有自己的特殊性。
決策主體的多元化
地方公共決策的參與者包括政府、智庫、媒體、社會組織、利益集團以及公民等行動主體，這些行動主體與中央政府決策層面的同類型主體相比有著自己的不同特點。在地方政府層面，公共決策參與的智庫主體以地方性智庫為主，例如地方社會科學院、地方高校或者研究中心等，尤其是地方的常規性與事務性決策，地方智庫參與的可能性更大。
但是，地方政府有時也會進行一些具有地方特色的戰略性決策，或者因勢利導把地方性決策上升為國家層面決策，這時地方政府更傾向于向高級別智庫甚至國家級智庫尋求決策咨詢。之所以這樣做，可能是因為地方智庫不具備相關決策所需要的專業知識與技能，但更有可能是因為地方政府希望借此在更大范圍內提升決策事項的影響力，尤其是該事項亟需上級政府財政或政策支持的時候。對于地方政府而言，這樣做也無可厚非，但若一味信奉“外來和尚好念經”也會帶來一些問題。例如，高級別智庫雖具有一定戰略視野，但也存在對地方實際缺乏了解和對決策實踐感知不夠等問題。在這種情況下，高級別智庫對地方政府的決策咨詢就有可能失真，甚至會帶來誤導。必須指出，有少數專家拋卻專業操守，為了自我私利，去迎合地方政府的“政績決策”需求，導致地方政府決策失誤不斷。近年來全國各地興起了開發園區建設熱潮，有的園區建設運轉得很成功，但也有不少園區脫離地方經濟發展實際，浪費了大量公共資源卻留下了難以收拾的“爛攤子”，這其中不乏經過知名智庫專家論證的“科學決策”。此外，高級別智庫決策咨詢下移，在一定程度上也擠占了地方智庫的發展空間，既不利于地方智庫的健康可持續發展，也不符合地方政府決策的長遠利益。
決策事務的復雜化
黨的十六大第一次把我國政府職能歸結為經濟調節、市場監管、社會管理與公共服務四個方面，但具體到不同政府層級側重點并不相同，例如經濟調節是中央政府的一項重要任務，但地方政府卻較少涉及此項職能。黨的十八屆三中全會則對中央與地方政府職能的界定作出了進一步要求，明確提出要“加強中央政府宏觀調控職責和能力，加強地方政府公共服務、市場監管、社會管理、環境保護等職責”，這為中央與地方政府事權界定提供了基本指導。
一般來說，中央政府負責提供全國性的公共物品，地方性公共物品則由地方政府負責提供；具有溢出效應的交叉性公共物品或準公共物品，可根據其具體特點決定是由中央政府提供，還是由中央與地方政府共同提供。中央與地方政府的職能劃分也大致勾勒出中央與地方政府決策事務的界限。通常而言，中央政府決策的主要事務更加強調全局性、戰略性，這對智庫宏觀層面的決策咨詢能力提出了更高要求，而地方政府則更關注區域性、事務性公共事務，智庫參與政府決策較多集中于中觀或微觀層面。此外，相比中央政府，地方政府需要應對的公共事務更加具體，同時因其更加接近服務對象（有時直接面對基層群眾），政府決策需要回應的公共問題更加繁多，需要協調的利益要求更加復雜，決策帶來的影響尤其是決策失誤帶來的負面影響會更加突出。近年來，我國群體性事件數量不斷攀升，成為影響社會穩定與社會發展的突出問題，不可否認，其中很大一部分是因為地方政府決策不當或決策失誤導致基層矛盾激化引發的。地方政府決策事務的特殊性對智庫的決策參與同樣提出了很高要求：它們不僅需要具備專業化的決策知識與技能，對決策事項進行分析、反思與評判，還要積極深入地方治理實踐，認真傾聽民眾呼聲，及時整合和回應民眾訴求，并將其帶入到地方決策的具體議程中來。
決策環境的劣勢化
決策環境是智庫參與地方政府決策的重要外部條件。地方公共決策環境的劣勢化表現為：首先，資金支持力度不夠，政策研究投入嚴重不足；其次，決策體制機制不夠健全且缺乏必要的法制保障。在地方層面，官方或半官方智庫相對活躍，民間智庫因缺少政策與資金支持發展乏力，智庫作為政府“外腦”的職能難以真正體現。此外，由于缺乏明確的法律政策支持，智庫的法人主體地位不夠清晰，智庫的有效運行難以得到法律保障。再次，在決策信息的收集與使用層面，地方政府在基礎數據與信息收集上投入嚴重不足，給相關理論研究與實踐開展帶來極大不便，加之一些地方政府開放性不夠（往往以涉及機密為由拒絕公開相關信息），限制了已有信息資源的共享利用。