黨的十八屆三中全會提出加強中國特色新型智庫建設，建立健全決策咨詢制度的任務；今年10月，習近平總書記在主持中央全面深化改革領導小組第六次會議時，圍繞中國特色新型智庫建設作了重要講話，會議審議《關于加強中國特色新型智庫建設的意見》，近期，中央印發了該《意見》。
縱觀全面深化改革的時代潮流和中央大政方針，中國智庫迎來新一輪大發展的春天，但同時也面臨更多“牽一發而動全身”的改革挑戰。這些挑戰不僅涉及智庫自身改革轉型，更多涉及健全決策咨詢制度的改革。中央層面已經就新型智庫建設做出許多卓有成效的實踐探索，為指導地方智庫建設提供了寶貴經驗借鑒，然而，地方落實中央政策，仍存在實施條件差異等問題，一些具體措施仍需進一步研究探討。
歸納起來，地方黨委、政府和智庫，在落實中央關于加強新型智庫建設的政策時，面臨的問題主要集中在宏觀體制機制、微觀組織管理、評價和應用轉化機制、經費投入和使用等方面。
宏觀體制機制設計不合理
地方智庫建設存在研究力量分散，重復勞動多；研究成果不能延續深入，實際可操作性不夠強；供需相對脫節，成果報送不夠及時，問題的輕重緩急程度把握欠妥當等問題。
參與地方黨委、政府決策咨詢支持的主要智庫，是黨委政策研究室、政府研究室（發展研究中心）、部門研究機構、社科院、黨校（行政學院）。
20世紀90年代以來，高校以人文社會科學研究基地建設為基礎，參與決策咨詢工作，發展迅速。這對于地方黨委、政府的科學決策來說，是一件大好事，但從服務決策的效果和研究的投入產出來講，存在低效率現象。主要表現為研究力量分散，存在大量重復勞動；研究成果不能延續深入，實際可操作性不夠強；供需相對脫節，成果報送不夠及時，問題的輕重緩急程度把握欠妥當。社科院、黨校（行政學院）、高校等單位以內刊形式，報送到決策者案頭的咨詢報告雪片般累牘，如果面面批示到位，顯然工作量超出正常范圍。
對此，地方黨委、政府，特別是省一級黨委、政府應積極做出頂層設計。一是建立決策咨詢制度。要規范、細化黨委、政府的決策程序，建立支持智庫參與謀劃重大發展戰略、制定重大決策、實施重大政策，以及解決民生問題的制度。二是規劃專業智庫。要對全域研究力量進行優勢組合，按照決策咨詢需求，開展長期細致的研究。三是建立樞紐智庫。由樞紐智庫研究決策咨詢需求，發布選題。選題可由領導、部門出題與智庫自選相結合。要統一報送渠道，按照輕重緩急和類別層次，以黨委、政府約稿和常規定期報送相結合的方式報送。同時，黨委和政府也應建立相關督辦落實機構，加強同樞紐智庫的溝通反饋，提供后續研究需求等信息，不斷強化應用轉化工作。