從長遠來看，高校智庫若想在智庫熱背景下健康發展，必須明確以下三方面的問題。
第一，高校內部的智庫要弄清楚自身的比較優勢是什么，在此基礎上明確自身功能定位。一般來講，由于高校在政府部門之外，了解到的信息有限，其所提供的研究與政府部門的需求之間有較大差距，因此對策性研究并不是高校的長處。而高校在學科基礎、國際聯系、基礎性和應用性政策研究方面則更有優勢。
第二，如何保障出高質量的研究成果，對政策產生影響？這就需要明確高校內的智庫的具體運行模式。這里涉及到人才、經費來源、研究成果的傳播途徑等。
關于人才，高校，尤其是著名大學，有很多著名學者，這是高校很重要的智力基礎。高校是人才流動、思想交匯的場所。說到底思想庫或智庫，就是需要智力和思想不斷碰撞交流，高校在這一點上有得天獨厚的優勢。
關于經費，目前我國對政策研究尚未有完善的資助機制，在一些情況下，政府沒有足夠的經費來支持專業智庫做較為重要的政策研究。而在高校的主業是培養人及做基礎研究，所以高校已經承擔了做政策研究所需要的很多基本投入（如圖書資料，基本辦公設施等等），也就是說學校已經把很多固定成本覆蓋了。這樣，相對于其它智庫來說，高校在經費方面也有一定的優勢。
關于研究成果的傳播模式，實際上許多政策研究成果可以通過公開渠道去影響社會各個方面，最終影響決策。但在一些特定情況下許多政策研究涉及敏感課題和分析，這種情況下與決策部門的直接溝通渠道比公共渠道更有效。所以一個機構內部是否具備這種渠道以實現有效的政策溝通很重要。
以清華大學公共管理學院為例，學院是清華大學很多重要智庫的機構平臺，其中包括清華大學國情研究院、清華大學中國農村研究院、中國科技政策研究中心、中國發展規劃研究中心、中國工程科技戰略發展研究院等。這些智庫有不少都是與相關的部委，如科技部和發改委等聯合成立的。這種合作共建的模式可以保證其研究成果能夠比較暢通地向決策者傳遞。
第三，涉及到治理結構。高校里的智庫在組織架構安排上是否具有獨立于智庫運行之外的機構，例如理事會，來監督智庫的運行，評估其績效，保障其質量，并根據社會環境的變化為智庫的戰略發展提供咨詢建議。在中國，相當一部分智庫都有這樣的理事會，但是并沒有真正發揮其應有的作用。要保證這樣的機制對高校智庫的治理發揮作用，很重要的一點在于高校內智庫的領導者是否真正認為這個機制很重要，愿意推動其發揮作用。
完善智庫治理結構 建立公開透明機制
中國經濟時報： 你對官方智庫、高校內的智庫以及民間智庫建設有哪些建議？
薛瀾： 根據當前中國智庫發展的現狀，可以從以下幾個方面入手：
首先，可以對掛靠在政府部門下的事業單位性質的政策研究機構加以改革。這些機構隸屬于政府部門，相對來說難以獨立于這些部門利益進行選題和研究，或者當其研究的觀點與所屬部門領導的意見相左時容易受到壓制。此外，這些事業單位大都由于政府撥款有限，日常運行面臨經費短缺的困難。于是它們一方面在行政體制之內運行，另一方面不得不采取市場化的方式來承接一些咨詢項目等，這種做法實際上削弱了這些機構對重大政策問題的研究能力。對這些機構的改革可以通過分流的方式進行，其中一部分可以納入政府部門，加強政府內部政策研究能力。若干有條件有品牌的政策研究機構可以在運作上與政府脫鉤，但政府保持對這類機構在一定的年限內提供部分財政支持，使其逐漸孵化成為相對獨立的智庫。
其次，可以對有條件的高校內的公共政策研究機構進行改造，鼓勵它們借鑒國內外成功模式（如北京大學國家發展研究院，清華大學國情研究院，英國蘇塞克斯大學的國際發展研究所），重新梳理與大學的關系，提高研究機構的自主性，爭取社會各方資金捐助，形成依托大學的一流智庫。
此外，經過二十多年的時間，中國的民間智庫經歷了風雨，也經歷了成長。這些年的經驗也使得一些大浪淘沙留下來的民間智庫具備了高速發展的潛力和希望。可以通過對社會上的智庫進行篩選和招標的方式，讓這些優秀的民間智庫涌現出來，對其給予免稅和其它優惠條件的支持，鼓勵它們形成特色，成為中國智庫發展的生力軍。